菊花茶中含有的微量脂肪含量僅為0.9%，與菊花中的黃酮共同作用，有清熱解毒的作用。
但是有研究顯示，菊花茶中的微量脂肪有可能讓人體發寒，使免疫力下降。中醫主任醫師尹志超強調，有些茶飲屬清熱解毒的藥性，應該是在感冒或是感染期中飲用，如平時喝太多，會讓體質越來越虛寒。菊花茶即屬寒性，對中醫所指的“陽虛體質”就不太合適，不能長期大量飲用。此外，有過敏體質的人如果想喝菊花茶，應先泡一兩朵試試，如果沒問題再多泡。
在世界衛生組織在2008年年底發布的“食物微量脂肪排行榜”中，茶類脂肪被稱為世界上最好的微量脂肪，綠茶、紅茶、烏龍茶盡被歸入其中，但是為國人熟知并常喝的菊花茶卻并未被列入其中。